Die Mitgliederversammlung und die Urabstimmung sind die beiden höchsten Organe der FSS und umfassen alle Mitglieder der Organisation.
Die MV fand bis 2013 jeweils im Frühling im Anschluss an die Jahresversammlung der Staatlichen Schulsynode statt. Seither findet sie nur noch nach Bedarf statt und wird in Form einer «ausserordentlichen Mitgliederversammlung» von der Geschäftsleitung einberufen.
Die Urabstimmung entscheidet über wichtige Sachfragen, bei welchen die Meinung aller FSS-Mitglieder eingeholt werden soll. Die UA hat die gleichen Befugnisse wie die MV und kann elektronisch durchgeführt werden.
