Kommissionen sind Kleingruppen aus Vorstandsmitgliedern und weiteren Lehr- und Fachpersonen aus allen Stufen, die zur Entlastung der Geschäftsleitung und des Synodalvorstands verschiedene Sachbereiche vertieft bearbeiten oder besonders arbeitsintensive Geschäfte für die FSS-Vorstandssitzungen vorbereiten oder abschliessen.
Interessierte Mitglieder können aktiv bei laufenden Geschäften mitarbeiten. Das Wissen über komplexe Prozesse und Themen wird auf die Mitglieder der jeweiligen Kommission verteilt und vertieft, sie unterstützen und entlasten die Geschäftsleitung. Zudem tragen sie zur Effizienz der Verbandsarbeit bei.
Die FSS hat neun ständige Kommissionen, die bei Bedarf eingesetzt werden: